L'histoire se déroule sur Spira, un monde en grande partie envahi par les eaux. Il y a 1000 ans, une entité maléfique du nom de Sin est apparue, détruisant la technologie. Depuis Sin est toujours là, causant la terreur aux populations désarmées face à ce fléau. Une nouvelle religion est née, prônant les préceptes de Yevon, interdisant toute technologies. Celons ces préceptes, la seule solution pour vaincre Sin est de faire appel à l'Invocation Finale.

   Yuna veut débarrasser Spira de Sin en se lançant en pèlerinage sur les traces de son père Braska, un très grand Invokeur, mort il y a dix ans. Le pélerinage permettra à Yuna de réunir les différentes chimères des temples de Yevon, de manière à s'entraîner en vu de l'Invocation Finale qui aura assez de force pour se débarrasser de Sin. Dans cette quête autour du monde, elle sera accompagné de ses gardiens .